Жидкостный хроматограф состоит из трех основных функциональных частей.
Источник потока подвижной фазы состоит из резервуара, насоса и фильтра. В зависимости от конструкции элементов этого блока в него могут входить устройство для формирования градиентов подвижной фазы; дегазатор и устройство для сглаживания пульсаций давления, если этого требуют конструкции детектора и насоса.
В разделительный блок хроматографа входят устройство для ввода проб, хроматографические колонки, а иногда предварительная колонка для насыщения и термостат.
Блок детектирования представляет собой детектор или систему нескольких детекторов.
Иногда в этот блок входят сборник фракций и измеритель потока.
Подвижная жидкая фаза находится в резервуаре, и перед подачей в колонку ее обычно пропускают через дегазатор, с тем чтобы уменьшить содержание в ней растворенных
газов путем временного нагревания. При работе по методу градиентного элюирования компоненты подвижной фазы проходят через смеситель, а затем через фильтр в насос. При использовании импульсного насоса в систему вводят устройство для сглаживания создаваемых этим насосом пульсаций давления (скорости потока).
В термостатируемом пространстве располагаются предварительная колонка для насыщения (применяется только в системах ЖЖХ), устройство для ввода проб в собственно хроматографические колонки, помещенные в термостат (или без них). С детектором колонка соединяется капилляром, имеющим минимальный мертвый объем. При необходимости детектор помещают в отдельный термостат. Сигнал детектора непрерывно регистрируется самописцем. После детектора могут быть установлены измеритель потока, сборник фракций, а также краны для работы по методу циркуляционной хроматографии.