Рідинний хроматограф складається з трьох основних функціональних частин.

Джерело потоку рухомої фази складається з резервуара, насоса і фільтра. Залежно від конструкції елементів цього блоку в нього можуть входити пристрій для формування градієнтів рухомої фази; дегазатор і пристрій для згладжування пульсацій тиску, якщо цього вимагають конструкції детектора і насоса.

У розділовий блок хроматографа входять пристрій для введення проб, хроматографічні колонки, а іноді попередня колонка для насичення і термостат.

Блок детектування це детектор або система декількох детекторів.

Іноді в цей блок входять збірник фракцій і вимірювач потоку.

Рухома рідка фаза знаходиться в резервуарі, і перед подачею в колонку її зазвичай пропускають через дегазатор, з тим щоб зменшити в ній вміст розчинених

газів шляхом тимчасового нагрівання. При роботі за методом градієнтного елюювання компоненти рухомої фази проходять через змішувач, а потім через фільтр в насос. При використанні імпульсного насоса в систему вводять пристрій для згладжування створюваних цим насосом пульсацій тиску (швидкості потоку).

У просторі термостатування розташовуються попередня колонка для насичення (застосовується тільки в системах ЖЖХ), пристрій для введення проб в хроматографічні колонки, поміщені в термостат (або без них). З детектором колонка з'єднується капіляром, який має мінімальний мертвий обсяг. При необхідності детектор поміщають в окремий термостат. Сигнал детектора безперервно реєструється самописцем. Після детектора можуть бути встановлені вимірювач потоку, збірник фракцій, а також крани для роботи за методом циркуляційної хроматографії.